技術管理費の積上げ項目の積算方法について

土木工事の共通仮設費（技術管理費）の積上げ項目の積算方法について、どなたかご教授いただけますか。
擁壁工事の基礎地盤の支持力調査のため、地質調査費を積上げ計上しようとしています。

①通常、地質調査委託であれば地質調査費に加えて、運搬費や足場仮設費、準備及び跡片付け等の費用を積み上げますが、土木工事においても同様に積み上げるのが正解でしょうか。
一応、他の国や自治体で公開されている設計書について、当方でインターネット検索してみましたが、地質調査費以外が積み上げされている設計書は発見できませんでした。

②準備及び跡片付けの費用について、物価資料に１業務あたりの単価が掲載されていますが、設計業務等標準積算基準書の説明には、
「準備及び跡片付けの単価は資機材の準備・保管、ボーリング地点の整地・跡片付け、占用許可及び申請手続き、位置出し測量等を含むものとする。」とあります。
実際のところ、工事においては、資機材の準備、跡片付けくらいで他の作業は要しませんので、そのまま単価を採用してしまうと過大になってしまいます。
この場合は、別途見積により単価を徴収するのが良いでしょうか。

よろしくお願いいたします。