社内規格値について

検査官の資格のない方のためにコメントするのも情けないですが。
甲（発注者）・乙（受注者）の契約により、受注者は設計図書の一部である「土木工事施工管理基準及び規格値（案）令和4年3月国土交通省」（発注機関により同別途基準があればそちらを優先）に合致するよう工事目的物を完成させています。
社内基準を設け厳しい出来形管理を行うのは正当であり評価すべきものです。
しかし、検査官が契約図書以外の基準値を採用するというのは、契約のベースとなっている標準請負契約約款の第18条（条件変更）に該当し、発注図書の変更に対する予めの指示が必要です。また、より厳しい基準達成のため別途支出を必要とする場合は、発注者はその費用を支弁する義務があります。
甲と乙とは対等な関係のもとに契約は成立しており、「数値ではなく要求事項は契約書条項の何を根拠としているのか」をご質問になり、「指示書の不備」「必要な場合の費用請求」が必要であることを説得されてはと思います。
また、検査官以外の発注機関関係者に正当性の情報発信を行い、外堀を埋めておくのも一手です。
検査は、基準値をクリアーしていれば合格であることを申し添えます。