河川・排水構造物設計における降雨量の設定について

河川や排水構造物（ボックスカルバートなど）の設計を行う際、
その構造物に流れる流量を決めるために降雨確率年から降雨強度を設定するのが基本ですが、

各自治体の要領をみると、大抵10年や30年確率の基準になるのに対して
設計地点付近の過去の降水量をみると、設定した確率年降雨よりも強い雨が降っている場合があります。
（降雨強度と降水量の定義は異なるので、数値通り比較出来る訳では無いのは承知の上です）

その場合、あくまでも設計要領に従っているものとして
要領通りの設計を行うものなのでしょうか？

考えとして、過剰な設計・不経済になるからだとは思うのですが
素人考えでは、過去にもっと強い雨が降っているのに、弱い基準で設計するのはいかがなものか
とも感じております。

設計に携わっている方で、この様な状況でどう対応すべきか
御教示の程宜しくお願いします。