流量計算時の径深について

内径200mmの円形断面水路の流量計算をしてお困りのようですね。
現在計算している流量は、正確には等流流量と言います。

流れには「層流」「滑面乱流」「粗面乱流（完全乱流とも言う）」があります。
流れのレイノルズ数を計算してMoody Curve を用いて抵抗係数（摩擦損失係数とも言う）を計算したことのある方ならばお判りいただけます。

内径200mmの円管路でエネルギ−勾配が4.9/100（4.9％）ですと流れは完全乱流になり管壁の粗度の影響を受けます。この場合の流量計算には現在はManning公式が一般には使われます。参考までに勾配には「水路床勾配」「動水勾配」「エネルギ勾配」などがあります。ここでの計算は「エネルギ勾配」が正しいです。

円形断面の管水路（水面のない満水の流れ）ですと、径深は内径200mmの1/4である0.05mになります（Manning公式の場合は単位をmに統一します）。

円形断面開水路（自由水面がある流れ）の場合ですと、
水深hが直径ｄの半分より少ない場合は径深Rはｄ/4より小さく、
水深hが直径ｄの半分より大きくｄ（満水）までは径深Rはｄ/4より大きくなります。
水深がｈ=d/2のときとｈ=dの時には径深はR=d/4になります。
水深がh=0.81dの付近で径深Rは最大になりR=1.217×（ｄ/4）程度になります。

ここで「水深」と書きましたが正確には「水路断面の深さ」と呼びます。

例えば次の書籍をご覧頂くとよく判ると思います。
最新土木工学シリ−ズ4　最新水理学　大西外明著　森北出版　第5章　層流と乱流
改訂三版　標準水理学　本間仁著　丸善(株)　第8章　126頁 図8・10
その他、水理学の書籍を参考にしてください。