鋼矢板水路の断面を変更しないで流下能力を向上させたい

具体的な祖度係数の低減が可能かはメーカーヒアリングになるかと思いますし解決しないかもしれませんが、
農業水利施設の補修・補強工事に関するマニュアル【鋼矢板水路腐食対策（補修）編】（案）に記載されている
パネル被覆工法で補修した場合の流下能力を確認されてはいかがでしょうか。
※パネル設置時の粗度係数はメーカーヒアリングになるかと思います。
また、鋼矢板の凸部に合わせて施工されるので鋼矢板中心線で河積を計画していた場合はわずかに河積が小さくなりますのでご注意ください。