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既に解決しているようですが。
箱桁全体を1本の「単一はり要素」としてモデル化すると、以下の影響を正確かつ簡易に評価できません。
・上床板・側壁・下床板でのコンクリートの打設時期の違いによる収縮・クリープの差
・各部材における鉄筋比の違い
・乾燥収縮による部材ごとの相対変形
これらを独立して扱い（各要素に個別の応力-ひずみ関係や材料特性を与える）、かつ節点変位に全体の平面保持の拘束をかけることで、長期変形・変位を簡易かつ実用的な精度で算定できるようにしています。