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　現地を見ているわけでなく、また土留壁の高さ、水抜き穴の位置等
が全く解らない状態ですので、非常に一般的なコメントになってしま
うのですが、一般に土留壁にあけてある「水抜き穴」というのは、高
い側の土の中に水が多く入りすぎて（いわゆる土木技術者が使用する
言葉ではないのは承知してますが、質問者は恐らく一般の方だと思わ
れますのでご容赦下さい＞学会メンバー）、土の重さに”水圧”が加
わることによって、土留壁が倒れるのを防ぐためにあります。

　その意味で、
(1)隣地との高低差が十分に小さくなっているのであれば、そもそも
　土留壁が倒れる恐れは小さくなっており、「水抜き穴」自体はふさ
　がれたとしても問題ありません。

(2)盛土工事前後で、あまり高低差に代わりがない場合、水抜き穴の
　機能確保が必要です。この場合、水抜き穴が普通に土で覆われた
　（盛土の下に埋まっただけ）というのであれば、水は新たに盛った
　土の中を通って出ていくので問題ありません。

(3)（普通考えにくいことですが）盛土工事の際に、水抜き穴部分を
　コンクリート等で水が抜けないように埋めた、などがあれば、水抜
　き穴の機能が失われることになりますので、業者に機能確保を求め
　るべきでしょう。

　とりあえず、ざっと思いつくのは以上です。

　より有効な回答を求められるのであれば、もう少し詳しい状況を
書くことをお勧めします。