盛土施工前の草木の除去、耕土のセメント改良

すき取りと刈り取りは違うんですが、発注者の図面や特記仕様書に、刈り取りとセメント改良30cm程度が示されているのですよね。
当然、特記仕様書に単位セメント量も書いているだろうし、品質管理基準(地盤支持力）も示しているはずです。
また、段階毎に発注者の段階確認検査もするはずです。
どれだけの草根が混入しているかは分かりませんが、沈下の可能性も沈下の心配無いと言うのも感覚視点であって、お互い確たる論拠を持ち合わせてはいないのでしょうね。
民間開発行為で行政が指導役という工事なんですかね？

過剰な要求だとは思います。
許可申請では基本、申請者に過度な要求をしてはいけません。

ただし、現時点では申請者、行政とも定量的、技術的指標を示していないので良否の判断はできません。
「田」＝「軟弱地盤」ではありませんので、まずは双方が「軟弱地盤」の定義を示す必要があると思います。
その上で該当するのであれば、沈下量等について照査する必要があると思います。

また、盛土後の土地利用形態が「自己用」なのか「その他」なのかでも判断が分かれるかと思います。

草木の除去という意味合いが、行政と質問者様で違ったのだと思います。
質問内容だけではどちらかの過失とは言えませんが、行政としては根の除去込みで考えるのが通常と考えられるので、指導の際にどのような話をされたかによると思います。

既に盛土までしている状況でやり直しを求められるのは酷ですが、行政側の意思をくみ取れていなかったため致し方ないという結論も考えられると思います。

結論から先に言いますと

質問者様には厳しくなりますが　行政の指示に従うしか手立てはないように思われます
具体的な行政からの文面による指示書(10センチ程度とか)、あればいいのですが
確認立合い、段階確認等の協議はされてませんよね

問題なし等の照査報告書を提出しても受け付けてくれないと思いますよ
なぜなら完全に草木の除去が行われていないからです

公共工事だと陥没などを防止するために伐開除根するのが当たり前ですが、質問の工事では土の上にある草木の除去だけで良くて、根の部分はセメント改良で補おうということでしょうか。残土処分などの問題もありますから、行政の意図はなんとなくわかります。
逆に質問者様に聞きたいのですが、10cmも草を残しておいて、どうして草木の除去が完了していると判断できたのでしょうか。
根が残ってしまうのは仕方ないとして、普通に草が生えて残ってたらアウトでしょう。
雑草を10cm残すのも、地面スレスレまで雑草を刈り込むのも、労力はさほど変わらないというか、単に作業の丁寧さ云々だけの話では。
雑な工事ばかりしてると、どんどん厳しいルールが増えて、自分の首を絞めるだけですよ。