舗装版破砕を工期短縮の為切削で施工　仕様変更で見てもらえない

厳しいことを言います。
「下請の舗装業者が現場が詰まってて破砕での施工は工期内に間に合わないということになり」という理由で工程遅延のおそれがあり，それを回避するために工法変更を行ったということですね。工程遅延が天変地異等の受注者の責によらない場合ならともかく，この場合は受注者の調整不足によるものといわれても仕方がありません。この場合でも受注者は工程を守る必要があり，当初工法を変更してのものであればそのコストは受注者が負うべきものと考えられます。
逆に発注者の立場としては，工程遅延のおそれが出たのは自分（発注者）の責任ではないので，人数を増やしてでも工期を間に合わせるのが筋だろうと考えますし，理由がつかないお金を支払っては会計検査に通らないと考えますね。むしろ工期を間に合わせるために工法変更を行ったのは温情といえるのではないでしょうか。普通なら「発注したとおりの工法でやれ。工法変更なんて手間だから認められない」と言われても仕方ないと思います。
トータルで減額となるなら，VE提案としてもらって半分返してもらう手も考えられなくもないですが，VEの制度がない発注者なら難しいでしょう。