3径間連続ラーメン橋非連続変断面桁のモデル化

要領どおりに考えるのなら左右で段差がつくモデルになりますが，それでいいのでは。柱頭部は剛域を設けますから，影響は限定的でしょう。
それより，そもそも左右の桁高を変える必要はあるのでしょうか。おそらく支間長が左右で異なるのでしょうが，桁高は左右を合わせるのが鉄則です。左右の桁高を変えると，全体系モデルでは出てこない影響が出てくると思います。
どうしても桁高を変える必要があるのなら，別途柱頭部の検討をする必要があると思います。できればFEMモデルを作って検討するのがいいと思います。