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一般的な話になって申し訳ないのですが、
正確な交通量測定が目的の作業であれば、出来る限り誤差は取り除くべきでしょう。
但し、交通量測定は大体が手段ですから、合目的のため、誤差許容量はあると思います。
例題として、
現示（信号タイミング）調整、右折レーン長などの調整の場合、
ある程度の正確性が求められると思います。
但し、結果的に他方向車両数との比を取るような場合、誤差許容は大きくなると思います。
直進兼左折レーンを2レーンに分離する必要があるかどうかの検討などは、
時間に対する分散状況（15分交通量とか）への正確性は必要ですが、
総数の誤差は閾値に引っかかるかどうかの問題であり、
総数うんぬんは問題外になるのではないか、と思います。
道路の交通容量(1985、交通工学研究会、コロナ社) (手元にこれしかないけど)では、
ｐ16-17で「得られた値を適当に丸めても精度は変わらない、本書では50台/時 刻みにしている、計算で解析する場合も結果を丸めても良い」などとあります。参考にしてください。