雨水の流入量（降雨量）の設定についての質問

＜流出量の計算＞
についてなのでしょうが、手法は何種類かあるなか、これは建築系の流量計算になるのだろうと思います。
私自身、建築系の一般的な計算スタイルを知りませんので、土木系で考えます。
まず、降雨時間というのは関係ないです。時間内にいくら降ってそれを処理できる断面を備えているかの話ですから。(浸透ますやため池などの貯留を考えるならまた別ですが）
流出係数は浸透する要素がないのでしょうから1.00で良いと思います。
降雨強度100mm/hは九州地方辺りの標準降雨強度を採用しているのだと思いますが、この数値は降雨強度のなかでも,かなり降ると想定した比較的厳しい数値です。
流出量を算出する上で1番大きく影響するのが降雨強度です。
降雨強度は①特性係数法による手法(地域の今までの設定降雨強度を用いるもの）　②大雨資料による手法(アメダス辺りの観測資料を基準とするもの）　③標準降雨強度による手法(単純に昔から使われているもの)がポピュラーです。
計算された雨の量としては、①少なめ→②普通→③多めに出ます。イメージ的には③を基準とし100mm/hとすれば②はその50～60％程度(確率年があるので一概に言えませんが）、①は30％程度(地域データないので一般論)くらいだと思います。
合理式が適切かについては建築手法を知らないので判断出来ませんが、合理式が使えないとは思えません(但し、施設特性上、排水口まで速攻で水がやってくると思うので、隆達時間の妥当性判断が難しい・・・と言うか考えても答えは出ないと思います）

＜流下能力の計算＞
排水桝に入った雨の排水ラインがあるはずです。おそらく排水管があるのでしょうから、流下能力計算はこの排水管口径と排水勾配、粗度係数で流下できるかが決まってきます。
この計算をして、初めて流出量の計算数値が妥当であるかを判断出来る要因の一つになります。

＜私の感覚＞
おそらく、降雨強度100mm/hでは流下能力がOKにならないと思います（そんな量を流せる施設は経済面から考えても無理）
私がやるとすれば、建築で一般に用いられている計算手法に倣うもしくは、過去事例に倣う事を先決に考えます。
これが無いとすれば、今まで使ってきた手法で計算する（合理式もその一つ＆降雨強度妥当性判断）
これでトライアル計算して、ダメなら再検討する。
再検討というのは、必ずしも時間内排水する必要があるのかどうかという事です。大雨で施設内排水処理が出来なくなり、一時的に池となっても大きな被害は無いのではないか？と言う判断。
被害が無いとすれば、半日で排水できれば良いとか、2時間で排水出来れば良いとかの判断です（時間降雨強度100mm/hを2時間排水させる事にすれば50mm/hで良い事になる・・・こんな単純では無いけど、イメージはこんな感じです)
いずれにしても流量計算自体は単純なものですので、施設規模に対する妥当性を軸として無難な計算をすれば良いと思います。