管の流量計算について

お世話になっております。
管の流量について、ご教示お願いします。

上流側の桝の天端位置が管の天井よりも低い場合、通水断面は桝の天端位置までの高さを基本として考えるのは妥当でしょうか。
状況としては、既設の水路の付替え設計になります。既設の桝が管が設置されている側の壁高が土留もかねて高くなっており、反対側の壁高が低くなっているので上記のような状況が発生しています。

ご経験等ある方おりました、ご教示いただけると幸いです。
宜しくお願いいたします。