積算基準にある施工標準歩掛について。

＞地方自治体により独自の歩掛けはあるのでしょうか？

東京都や大阪府など、大きな自治体では多少あります。
他の自治体ではほとんどありません。基本、国に準拠です。

＞この歩掛けを担当者の個人の施工感覚で、歩掛け人数を減らして積算をすることがあるのでしょうか？

ありません。
歩掛が決まっていれば、それを使用するのが原則です。
各積算担当者の勝手な判断で、歩掛人数を減らすということはもっての他です。

ただし、多種多様な工事の中では、歩掛にない工種はどうしても出てきますので
各自治体の判断により、既存の類似歩掛を準用することもあります。
（時には内容を少しいじって使用する場合もあるようです。）

ただしそのような措置をすると、後日、会計検査や自治体の監査等で指摘されることも多いです。
（程度にもよりますが）
その場合の指導は、「物価調査機関への調査委託」か「見積徴収」のうえ、
適正な歩掛を設定するよう求められることが多いと思います。