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「現況道路面が施工基面」と言う貴職の前提条件設定が誤謬を招いているのだと思われます。
本件の場合、斜面上に道路を新設する場合と同様にあくまで施工基面は計画路床面になるのだと思われます。
もともと掘削と床掘の施工単価の差異は、例えばバックホーのショベル幅の差異からくるもので、本件工事に伴い雨水管渠や雨水枡、場合によっては交通信号用の横断管を路床上面より深く設置する必要が生じた場合、路床上面（施工基面）まで面状に掘り下げる行為は掘削扱い、基面より下側を更に線状に掘り下げる行為は床掘扱いになる筈です。
ちなみに交通量の増加に伴い、上下路盤厚や表層・基層の舗装厚が現状より数十cm分厚くなると思われ、その場合施工基面は現状の路床上面では無く、設計上の路床上面になる筈ですので、施工数量的にどのような棲み分けとなっているのか路盤再生工対象の有無含めて、平面図と断面図に基づき、床掘数量と埋め戻し数量の差異、掘削数量と路盤数量・舗装数量に説明付かないギャップが無いかも併せて確認される事をお勧めします。