建設コンサルタント会社が、成果品の図面(発注者の設備図面)を、契約後も長期間保有することは、法律上、問題になるでしょうか

法にはおそらくないとは思いますが
契約書には織り込んでいると思われますので、
その期間くらいはデータを残しておくとよいのではないでしょうか。

調査等請負契約書
http://www.e-nexco.co.jp/bids/info/doc_download/pdfs/standard/2704/resea...

（瑕疵担保）
第40条
発注者は、成果品に瑕疵があるときは、受注者に対して相当の期間を定めてその瑕疵の
修補を請求し、または修補に代え若しくは修補とともに損害の賠償を請求することができる。
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前項の規定による瑕疵の修補または損害賠償の請求は、第31条第3項または第4項（第37条に
おいてこれらの規定を準用する場合を含む。）の規定による引渡しを受けた日から3年以内に
行わなければならない。ただし、その瑕疵が受注者の故意または重大な過失により生じた場
合には、当該請求を行うことのできる期間は10年とする。