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解析担当ではなかったのですが、ひとこと言わせて下さい。
文面から察するに、先に打設したコンクリートの上に壁状のコンクリートを打設する外部拘束の場合と思ってよろしいでしょうか。

１）内部と表面のひび割れ指数の違い
内部と表面のひび割れ指数の違いは、温度解析による最高温度の違いによるものではないでしょうか。表面は、常に放熱していますので、内部の方が最高温度が高くなります。温度の高低差（時間経過による）の大きい方が温度ひずみが大きくなりますので、内部の方がより大きな引張が作用します。したがって、内部の方がひび割れ指数が小さくなるのではないでしょうか。

２）ひび割れ指数の時間経過について
ひび割れ指数は経過時間によって変化しますが、一度低下して、また上昇したとします。例えば、一度0.5になったとすると、ひび割れが入ってしまうでしょう。その後ひび割れ指数が上昇しても、ひび割れが入ったままです。着目すべきは、ひび割れ指数の最小値です。

３）貫通ひび割れ
内部のひび割れ指数が低くて、表面にひび割れが発生するのであれば、貫通しているものと思われます。先にも述べましたが、表面は放熱の影響が大きく出ますので、厚さの大きな壁状部材では、部材の大部分は内部の温度に近い状態です。したがって、ひび割れ指数も内部の指数が支配的であると思います。

４）現実問題
地上から上にある橋台のような構造物では、ひび割れ発生後に防水補修を行って埋戻しをすれば、問題ないと思います（私見ですが）。ひび割れ対策を行うよりも、コストが安くつくと思います。美観上、絶対にひび割れを防止したい場合や、高水圧下で漏水補修にコストが掛かる場合などに、ひび割れ対策を行えば良いのではないでしょうか。