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少し日本語のおかしい部分がありましたので再記します。
0.005cのcを、土木学会の規定する「かぶり」で計算しておけば、問題にはならないでしょう。0.005cの規定は鋼材腐食に対するものですので、対象となる鋼材は、曲げひび割れ幅の計算のひび割れがどちらを向いていようが、かぶりを規定する最も外側の鋼材ということになるものと思います。0.005cは曲げひび割れだけでなく、温度ひび割れ、乾燥収縮ひび割れなど、これらの総量に対するものと理解しています。念の為書き添えますが、曲げひび割れ幅を計算する時のcは、その鉄筋のかぶり(鉄筋表面からコンクリート表面までの距離)で、必ずしも0.005cのcとはならないと思います。0.005cのcは、曲げひび割れ幅を計算した部材の「かぶり」です。