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根入れは洗掘、掘り起こし、凍上防止のためにありますが、今回は川なので洗掘対策でしょうね。
その岩が長期的健全が保てる物であれば、岩盤上に設置しても問題ありません。それ自体が基盤になるわけですから。
但し、基面を確保する為に部分掘削は必要となります。
掘削でガタガタになった部分は均しコンクリートを打って基面を作ります。
その上に均しモルタルを乗せて、積みブロックを立ち上げていきます。
横方向の隙間はペーラインコンクリート（均しコンもしくは均しモルタル）で間詰めします。

長期的安定性がない岩盤であれば、通常の設計、つまり土だと思って設計すれば良いです。