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上流と下流の接続については、すり付け工を作れば良いでしょう。
具体的には場所打ちコンクリートですり付け工を作ると言うことで、農業排水路辺りではトランジション(＝変化という意味）と言ってると思います。
農業排水路系の文献に書いていると思いますが、平面的なすり付け角度は7度(河床だったか？)くらいだったような気がします。
他方、すり付け勾配は河川の要領などにも(橋梁前後の重点護岸のすり付けだったか？）書いているので、その河川管理者が何処であるかを汲んだ上で、こちらを優先した方が良いのかも知れません。
ただ、すり付け勾配についてはどちらの文献も同じ角度だったような気もします(河川の方は流入と流出側で角度が違っていたかも知れません）
トランシジョンの長さは常識的な範囲だと最長20m程度の物だと思います。
今回のケースだと長くなる可能性はあるかも知れませんが、その辺は何かしらのルールを決めて、程よい長さで計画した方が良いと思います。

ま、手元に河川の文献も農業の文献もないので、記憶で記載していますが、この辺りがヒントになると思います。