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単費であれば会計検査も入らないだろうし、もし不都合があってもその責は受注者ではなく発注者にあるのが委託業務の基本ですから、さほど真剣に考える必要は無いでしょう。
あとは説明の仕方の問題です。基準書に沿った場合と基準書に沿わぬ場合を比較して、基準書に沿わぬ場合を選択して貰えば良いだけです。
知らない人も少なからずいるのですが、どのような設計が良いかを決定するのは発注者であって、受注者にその権限はありません(だから委託業務なんですが)
基準書に沿わぬものの特例などないですし、もしあるとしても、それを探し出すのは発注者の責務において探すものです(行政間の意見交流をしているのだから、発注者の方がよほど知っている)

個人的な私の考えとしては、そのケースにおいて何故、重力式擁壁なんだろうとは思います。
ジオテキスタイル擁壁の方が、地盤変動に対して許容性があるから、以後、その程度の高さなら不都合があっても施工し直しになる事はまず無いです。
施工費もおそらく安いはずです。
ジオテキも最小根入れは50cmだったと思いますが、重力式擁壁の根入れ不足よりはジオテキの根入れ不足の方が不都合が起きる可能性が少ないです(地盤反力の関係)
個人的には、こんなことが技術者故の技術だと思っています。一考ください。