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現場条件により積算基準に合致しないのなら設計変更と思います。層厚が１ｍ程度ですので圧入できるかもしれませんが、専門業者の施工実績からできないのなら無理だと思いますが。役所とは文書を交わして以下について協議すればいいのではないですか？
●現場条件から設計変更する（ただし当初設計がおかしいとなるので役所はしずらいかも？）
●Ｎ値５５程度なら５０との違いが微妙ですので、とりあえず設計図書どおり施工して、実際に圧入できない時点で設計変更するか。

私は存じないですが圧入機械の運搬費等が2重計上にはならないのですか？諸経費に含まれているのでしょうか？
また、ウォータージェットが適用できる土質の制約もあると思いますが、当初からＯＫなのですか？
硬質地盤クリア工法は標準歩掛にあるのですか？見積りですか。見積りなら、その手間も役所は煩わしかったのかもしれませんね。