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文面では、底版コンクリートの最高温度より打設後４５日以降の捨てコンの方が温度が高くなったと受け取れますが、ちょっと考えにくいですね。地盤が発泡スチロールのような熱を逃がさないものであるとして、底版から捨てコンに熱が伝播したとしても、同じ温度になることはあっても、それを超えることは考えにくいです。４５日経っても、まだ捨てコンが発熱していると言うことなんでしょうか。
ちなみに一般的な現場での状況ですが、捨てコンは水場になることが多く、基礎砕石も水に浸ってますので、打設後早い時期に地下水温程度になっているものと思われます。

奇異な結果なら、まず解析条件の間違いを疑った方が賢明であると思います。解析条件に間違いが無いという自信があり、実績のあるソフトを使用しているのであれば、着目点は底版の温度履歴であるので、捨てコンの温度履歴は気になさらなくてもよいのではないですか。