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ヒンジ構造は水平力は伝えます。剛結合のようにモーメントを拘束しないという意味ですので注意ください。
杭基礎設計便覧に記述されているように、杭基礎は剛結合が一般的。水平変位の制限で設計が支配される場合は、変位が低減される剛結合が有利という意味合い。
剛結合にするとこれにより生じる杭頭モーメントに対して底版の構造設計が必要となるので、比較的底版が薄いような（必要以上に厚くしたくないような）場合にはヒンジ構造が望ましいということになる。
①～⑤については、管理者の判断によるところが大きいように思います。目標性能としてどういうことを目指すのかによって「耐震設計」といっていることの意味合いも微妙ですが、例えば一定の地震を受けた後に杭がせん断破壊、曲げ破壊して鉛直支持性能を失ってしまってもよいかとなると、そうは言えないのでは。少なくともL1レベルではこういう判断になるのではないでしょうか。応答変位法のような照査で地盤変位で杭が破壊してしまうような状況、杭頭を剛結にしたために多少の水平変位で杭が終局モーメントに達してしまい、そのことが全体挙動の評価上問題があるような状況では注意（検討）が必要かと思います。
③にあるように照査をしなくても支持することが可能といえるような使用状況であれば照査を省略するという考え方はあり得ると思います。