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どの程度の塗膜厚（塗装）や基準付着量（メッキ）で計画され，施設の耐用年数をどの程度見込んでいるか不明ですが，想定されている環境下で比べると圧倒的にC-1塗装系のほうが耐久性があるのではないでしょうか。
あと，塗替えを考えた場合，C-1塗装系は現場での塗替えが可能だと思いますが，溶融亜鉛メッキは工場での再メッキとなります。ちなみに，建設当時から常温亜鉛メッキ仕様とすれば，再メッキは現場で行うことが可能となります。
その他，放水路周りの鋼材はしばしば水がかかるみたいですが，この水に微細土砂などの摩耗の原因となるものが含まれるのでしたら，耐摩耗性に対する確認も必要かと思います。
以上のことを踏まえて，ライフサイクルコストを確認されてはどうでしょうか。