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　私も、質問者と同じ問題にぶつかりました。そして、この質問内容に共感できます。
なんで、長い雨が降った方が降雨強度が下がるのか？と疑問におもってネットで検索してみると以下のように説明されていました。

「－－参考（１時間雨量と１時間降雨強度の違い）－－
　１時間雨量と降雨強度は、ともに単位はmm/hrで表わされます。違いは、１時間に降った雨（１時間雨量）と、この勢い（強度）で振り続ければ１時間相当で○○mmになるであろうと言う雨（１時間降雨強度）の違いです。　車で言えば、１時間に走った距離と走っている途中のメーターが示す速度との違いのことです。」

つまり、私も降雨強度の意味自体を十分に把握していなかったので、質問者と同じく降雨継続時間が長くなれば降雨強度が上がるだろうと勘違いしていました。こういうことなのでは・・・