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「ユーザ」か「ユーザー」か，「コンピュータ」か「コンピューター」かという議論は以前からあり，何かともめますね。土木学会の小委員会で雑誌の原稿を執筆したときも議論がありました。

JISでは次のように規定されています。

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JIS Z 8301:1996　規格票の様式

【解説付表３　原語（英語）の語尾の長音符号を省く場合の原則】

　原則／例
　　ａ）その言葉が３音以上の場合には、語尾に長音符号を付けない。
　　　　エレベータ（elevator）
　　ｂ）その言葉が２音以下の場合には、語尾に長音符号を付ける。
　　　　カー（car），カバー（cover）
　　ｃ）複合語は、それぞれの成分語について、上記ａ）又はｂ）を適用する。
　　　　モータカー（motor car）
　　ｄ）上記ａ）〜ｃ）による場合で、１）長音符号で書き表す音、２）はねる
　　　　音、及び　３）つまる音は、それぞれ１音と認め、４）よう（拗）音は
　　　　１音と認めない。
　　　　　　１）テーパ（taper）
　　　　　　２）ダンパ（damper）
　　　　　　３）ニッパ（nipper）
　　　　　　４）シャワー（shower）
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一方，内閣告示の「外来語の表記」では，次のように規定されています。

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内閣告示第二号

一般の社会生活において現代の国語を書き表すための「外来語の表記」のよりどころを、次のように定める。
平成3年6月28日　　内閣総理大臣　海部　俊樹
３　長音は、原則として長音符号「ー」を用いて書く。
〔例〕　エネルギー　オーバーコート　グループ　ゲーム　ショー　テーブル
　　　　パーティー　ウェールズ（地）　ポーランド（地）　ローマ（地）
　　　　ゲーテ（人）　ニュートン（人）
　　　注１　長音符号の代わりに母音字を添えて書く慣用もある。
　　　〔例〕バレエ（舞踊）　ミイラ
　　　注２　「エー」「オー」と書かず、「エイ」「オウ」と書くような慣用のあ
　　　　　る場合は、それによる。
　　　　〔例〕　エイト　ペイント　レイアウト　スペイン（地）　ケインズ（人）
　　　　　　　　サラダボウル　ボウリング（球技）
　　　注３　英語の語末の−ｅｒ、−ｏｒ、−ａｒなどに当たるものは、原則とし
　　　　　てア列の長音とし長音符号「ー」を用いて書き表す。ただし、慣用に応
　　　　　じて「ー」を省くことができる。
　　　　　〔例〕　エレベーター　ギター　コンピューター　マフラー
　　　　　　　　　エレベータ　コンピュータ　スリッパ
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つまり，JISでは「ユーザ」，内閣告示では「ユーザー」という表記が原則ということになります。一般に，技術系の業界ではJISに準拠し，マスコミ等は内閣告示に準拠しているようです。

当サイトでも，メニュー表記の標準をどちらにするか，決めておいたほうがよいのかもしれません。

参考サイト：
　　標準の世界へようこそ
　　大阪大学大学院法学研究科法情報学研究室