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①のために設計速度を減じれば良いです。本線に付加車線があったとしたならシフト長を設定する時に設計速度を減じている可能性はあります。
Ⅱについては、当該エリア付近における過去の事故履歴、交通量同等の類似ケースと12時間交通量および警察が持っている事故調書などを総体的に判断すると分かってくると思います。
仮に分かってこない場合は、納得のいく論拠を示せば良いです。そして何よりも大事なのはこれでは無理だからルート変更をクライアントに示すことで、それが無理だから今の考えに落ち着いているのだと思います。(困るのは設計者ではなく、道路管理者及び警察だという事を分からせることです）
Ⅲについては滞留長やシフト長の考え方が一つの指標になるのでは無いかと思います。

私が事業者であれば、そのまま作ります。作って事故があったとしてもそれが交通止めにならなければ、その設計は著しく悪いモノではないと判断します。
そこまで考えているとは思いませんが、人身事故の大小はあまり関係なく、死亡事故だから大変だとか、軽傷だから問題ないと言うことは判断基準から外した方が良いです。