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私も再アルカリ工法自体は経験がありませんが、表面含浸工法より高いと思います。
表面含浸工法は新規コンクリートで鉄筋かぶりの薄い部位に対する腐食抑制対策で、その効能は10～15年くらいだと思います。
一方、再アルカリ工法は中性化した既設コンクリートの性状再生だと思われ、その効能は分かりません(調べたこともない)
と言うことで、目的が違うので経済比較の土俵に乗らないと思います(相撲と棒高跳びの選手を土俵で戦わせても評価できないみたいな）

但し、中性化したコンクリートに含浸剤を施すのはあながち効果が無いわけではないとは思っています。
錆は水と空気と錆びる物の三要素。そのうちの水と空気を断つ(使う剤によって違うが）のが含浸剤だから、中性化に対する直接対策ではないものの、間接的には効能があると思います。
しかし、直接的対策をせずに間接的対策に留めるのは良いとは思えません。