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以下のとおり回答します。

受注者がそれだけかかると主張しきればそれは適正な歩掛？については、
「あなたが採用したものであればそれが適正な歩掛となります。」としかいいようがありません。
前にも書きましたが、ここは議論するところです。抵抗していいんです。
相手の説明に納得ができないのであれば、納得できるまで説明してもらわなくてはいけません。
自分の考えと相手の考えの何が違うのか？相手が言うものが本当に必要なものなのか？などを
１つ１つ確認、理解したうえで妥当かどうかの判断をしなければいけません。
なぜなら、この見積を採用した時点で、この見積に対する説明責任は見積者からあなたに移るからです。
「自分も高いとは思ったんですけど～業者が出したんで～」とかは通じません。
見積を採用する以上、採用したものは発注者として適正なものとしなければなりません。
まあ、実際は発注後に受注者１者に取っていたりしてるんでしょうけど、少なくとも内容等については
自分の中で消化し、説明はできるようにしておく必要があります。

次に受注者からの見積書を使わない場合とはどういう処理を？については、
ケースバイケースですね。
別の方も書いていますが特調（ただし、時間とお金がかかるので質問者の事例にはなじまないかも）を
かける場合もありますし、類似歩掛を準用、もしくは土木コスト情報などある程度オーソライズされている
ような月（季）刊誌、過去の事例を参考にするなどいろいろあります。
可能であれば別業者から見積を取直すこともあります。要は自分が妥当なものであると説明できれば良いのです。
※各工法の協会歩掛、メーカー歩掛は本県では使用していません。

比較的安価なものについては微妙に高くても言い値を採用することもあります。
（※安価なものは諸経費でその他の費用（手配や準備などにかかる費用等）がペイできないと考えているため（私見））

いろいろ書きましたが、修正のきく範囲なら少々間違ってもいいんです。
それよりも理想が大事です。理想がないとどんどん楽なダメな方に流れてしまって、取り返しのつかない失敗をしがちです。
実は書きっぱなしにしようかと思っていたのですが、苦言を取り入れてでも何とかしてやろうという意気込みが
感じられたたので追記しました。