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諸説あるかと思いますが私見としましては現代の適切に施工された良質なコンクリートとモルタルに止水性や防水性の差異は著しくはないはずです
モルタルで上掛け（カバー）することはコンクリートの中性化に対する保護にはなり得ますし全体の厚みも増しますので耐久性も向上するでしょう
むしろ型枠痕などや表面の仕上がりが気がかなりになる美観上の問題が主として塗り付けられる目的になっていると考えられます
もちろん低質なコンクリートの透水性が高いことによる漏水や噴水は急結性の止水モルタルにより補修されることがありますが
あくまでも適切な施工がなされなければ既設コンクリートと被覆モルタルとの密着性の問題や比較的薄付のモルタルに生じやすい収縮ひび割れの問題の方がよほど気を付けなくてはならないのが実際のところでしょうからあまりコンクリート表面の仕上げに重点を置いて打ちっぱなしとして上手にできたなら後付けのモルタルは避けた方が良いと思います
以上のような点から防水性も備える繊維補強ポリマーセメントモルタルのような塗材の薄付がよろしいような気がいたします