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ここはどちらかというと、受注者さんと技術者さんが大部分を占めるようなので、こんな聞き方だとまずいよなぁと思ってましたが、、、

同じ立場（発注者）からの意見というか参考までに聞いてください。
質問ではどの時点で見積り徴収したかが分からないのですが、仮に施工前に見積りを徴収したとすると、指示どおり仕事をした受注者さんに対し、何ら過失がないのに一方的に減額しようとしていることになります。また、施工後に見積りを徴収したとすると、これはそもそもだめです。予算確認や内容の精査もせずに業者指示をしたことになります。この場合は受注者さん側にも問題はありますが、それについてはここでは省きます。

一応、対処法というか考え方を提示します。
〇見積もりを減額したいと考えている場合
内容変更を伴わない限り見積り再徴収はできません。内容を見直すことが出来ない場合は、未施工分の工事を減らしてでも対応します。
〇単純に内部説明に苦慮している場合
受注者さんにお願いして作業内容を精査し、市場単価との差分の作業内容、金額の提示を求め、仮舗装復旧についての資料を整理する。参考までに仮舗装復旧の一般歩掛との比較資料をつけるのもよいかもしれません。

見積りの再提出（金額は変えずに、表記、構成内容を変更する）をお願いする場合もありますが、あまりお勧めできません。理由は書くまでもないでしょう。

発注者は金を握っているためよく錯覚しますが、あくまで発注者と受注者は対等関係です。
その気になれば発注者側に社会的ペナルティを科すことも不可能ではありません。一度、ちゃんと考えたほうが良いと思います。