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単純に言うと、コンクリート版(厚みは15～20cmでしょうか）の上に50cmの砕石を敷設し、その上に基礎コンを打って、ステンパネルタンクを置くんでしょうね。
疑問を無視して考えれば、コンクリート版が粗面になっていれば出来ます。粗面とはチッピングをしたような状態のことです。
但し、大面積なら労力を伴い、合理的じゃないです。これに変わる合理的な方法は3cm程度の生コンの上に砂利を撒けば同じ状況になります。
このことで滑り抵抗値が上がるので、転圧砂利が逃げることは抑制できます。

基礎検討は、おっしゃるとおり、コンクリ版下面から転圧砂利上面までを置き換え基礎として計算すれば良いです。（多分、厚みが65～70cmあるはずだから、計算支持力は全く問題無い数値になるはずです）

＜疑問＞＊詳細内容分からないなかでの単純な疑問ですから、既に解決されているのかも知れません。
1．コンクリート版を撤去すると問題があるのか？　～　ステンパネルタンク設置に際して、既設のコンクリ版はなんの効能もないような気がします。もしそうなら、公共工事であれば、産廃の不法投棄の類です（民間工事でもダメですが、まあ良いかとなる気がします）
2．埋め戻し砕石は土、砂ではダメなのか？　～　現況地盤支持力が分かりませんが砕石を入れて支持力を上げなきゃいけない状況とは考えられない。

私の感覚としては、コンクリ版を壊して土砂で基面まで造成し、均しコンで良いのではないかと思います。
コンクリ版を壊す理由は、先の産廃の話と施設地盤下に人工的な不透水層があると雨水浸透水が逃げないと言う事、地震で揺すられるとコンクリ版と砕石面の境界面で水平移動すると言うこと（異素材境界面はなじみが悪い）です。
雑ぱくですが、参考になれば幸いです。