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施工者ですが、「現場の経験則」では変更の理由として不十分だと思います。最低限監督員の現地確認が必要です。沈下想定範囲内に重要な構造物があれば、構造物保護のためという理由は考えられます。
しかしポンプ排水で地盤沈下が起こるということは揚水できない状況なのでしょうか。薬液注入等を利用した止水工法は非常に高額となります。土質が砂・砂礫のためというだけではそこまでの必要性は感じません。詳細は理解していませんが、釜場の工夫で解消できる程度の状況である可能性はないでしょうか。
本当に必要であれば、設計者の方で対応しているはずであると考えます。設計者に相談してみることも一手かと思います。