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鉄筋かごということはオールケーシング工法の場所打ち杭でしょうか？
斜行というのは全体的に偏心しているのでしょうか？
鉄筋かごの寸法はどの程度でしょうか？
現状を把握するために必要な情報が不足していますね。大変な状況なのだと推測します。

条件をオールケーシング工法と想定します。
外かごが変形していないならジャッキ引き抜き時に転石などが外力となったセンはないですね。
内かごだけが偏心したなら想定されている通りトレミー管のジョイントが内フックに干渉した可能性が高いと思います。
しかし、構造がわかりませんが、ダブル筋の内かごは外かごと一体化しているのではないのでしょうか。
内かご単独で偏心しないよう、プレートやスペーサー等での固定が弱かったことも考えられます。
どちらにしても規格外の状態なのでしょうから、載荷試験や増し杭で必要な耐力を確認または追加することになろうかと思われます。

マトにあたっているかわかりませんが、とりあえず思うことを書かせていただきました。