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上記の説明が、少し誤っているので、追加説明します。

ちなみに私も、関係者というわけではなく、
国交省や建設物価調査会の説明会や、他人から聞いた話、噂話、自分の推測妄想が入っておりますので
自己責任でお読みください。

「市場単価」　＝　受注会社（元請）⇔専門会社（下請）の「契約金額・契約単価」そのものを調査した単価
「土木工事標準単価」　＝　専門会社（下請）から、調査工種の「歩掛」を調査し、その歩掛に労務単価・機械単価・材料単価等を調査会社が入れ込んで、計算で求めた単価

ということで、掲載されている単価は似ていますが、その実は大きく異なったものです。

そもそも、市場単価は、元請⇔下請間の契約を把握することで、より実勢に即した単価とするためにはじめられたもので、
調査には、元請⇔下請間の、契約書の写しなどを求めるなど、かなり厳格に調査されたもののようです。

しかしながら「良好な取引が行われたデータの収集が困難になってきている」と、国交省の資料にあり、
市場単価の掲載を維持していくのが難しくなってきているようです。
その背景は定かでありませんが、単純に「物価調査機関の調査票に協力する会社が少なくなってきたんじゃないの？」という声もあります。まあ確かに調査票出すほうは、完全ボランティアですからね…

また、東日本大震災頃から、特に被災地の労務単価等が急激に上昇したにもかかわらず、市場単価はなかなか追随して上昇せず、批判の声も上がりました。
つまり市場単価は、急激な価格変動に追いつけない単価であることが証明されたわけです。
そこで、調査を「単価」ではなくて「歩掛」とすれば、労務単価や資材単価の価格変動を押さえておけば、施工単価にもその変動がリアルタイムに反映される、というメリットがあります。
実際、「構造物とりこわし工」などは、市場単価から土木工事標準単価に移行したことで、単価が一気にアップしています。

他にも、国交省では専門工種について、物価資料には載っていない歩掛調査を多種、調査会社に依頼しているそうですが、
その中には毎回似たような工種で依頼しているものもある、とのことで、
「毎回歩掛調査を依頼するなら、いっそ物価資料に掲載できないか？」という要望が国交省内から上がり、
それが「土木工事標準単価」という形で掲載された、というような工種もあるそうです。

というわけで、もう一度まとめると
「市場単価」＝取引されている、施工単価そのものの調査
「土木工事標準単価」＝施工歩掛を調査し、それに機労材単価を入れて計算で求めた施工単価
です。

そこまでやるなら、いっそ調査した施工歩掛そのものを公表したほうが、手っ取り早いんじゃないかと思いますが
国交省は、もう二度と「歩掛」という手法を使いたくないんだ！と言わんばかりの勢いです。
あまり１つの考えに固執せずに、柔軟に対応していただきたいんですけどね・・・