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市場単価は材料、労務費、機械経費、運賃などを含む市場取引価格の事です。
土木工事標準単価は建設物価、積算資料などに記載されている単価の事です。

昔は標準単価で積算しましたが、市場単価（市場取引価格）の方が安いため、
実情に合わせましょうと市場単価に切り替えていく流れでした。
どちらかというと、市場単価はその時々の景気に左右されやすく、敏感で、昨年からある工種（４工種くらいだったか）については、市場単価を廃止し、標準単価で行きましょうという動きがありました。（その工種の市場が安定せず、常識的な価格にならない場合があるのです）
積算した時期では６０００円だったものが、工期末付近では６３００円だったり、安定しないのです。

市場単価は短期単価　標準単価は長期的単価　標準単価を使えば資材を安く仕入れられるときもあれば、高く仕入れせざるを得ないときもありますが、なべて見れば損得は相殺されるでしょうと言った感覚です。