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通常は一般的条件として１００％転用の積算を長きに渡って行っているのだと思います。
今回の工事が一般的条件に当てはまらないものであったなら、別途積算するのが筋ですが、その明快な根拠付けは難しいのではないかと思います。例えば、台風が来て部材損傷したという事なら明快な理由となります。

しかし、明快な理由がない場合は長きにわたって行われてきた積算手法に習うよりほかに手だてはありません。
このことは、多少損傷ロスがあってもそれを見込んだ積算をしているという前提条件の基に積算していると言えます。
また、在来そのようにやってきて、業者側としては多少の不満はあるものの、極端な不利益を被っていないゆえに妥協してきた面があります。

そう考えると不可抗力、当事者過失などを内訳しても意味がないものです。

個人的には工事一式でロスも含めどれだけの利益が出るのかだけに着目しています。
その利益さえ確保できれば良いという考えで、ロスなど織り込み済みです。
当事者過失で基本ロス以上のロスが出たとしても、慎重にやらなかった分人件費をはじめとした作業コストは減っているはずです。

一例ですが、既設鉄筋構造物のコンクリ取り壊しでは鉄筋を残すがために面倒な作業です。
規模が小さければ、多めに壊して鉄筋を組みなおしたほうが合理的です。
鉄筋組みが自腹でも人件費を考えると安い場合があります。

詳細分からないので参考程度に