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実施しないと施工できないのに、実施費用を支払わないとは、コンプライアンス的にいかがなものかと思います。
仮設方法は受注者の任意によるとはいえ、予定価格の上限を超えて契約できない状況ですから、結局は受注者側の努力で費用を捻出している状況だと推測します。予定価格の上限を超えられるなら、いくらでも好きなように積算してください、と言えますが・・・。発注者側に考えを改めていただかなければどうしようもないのですが、会計検査院が不当支出の指摘と称して積算ミス（それも高めに誤ったもののみ！）を重箱の隅をつつくように摘発しているような状態では改善は難しいのかと思います。いつまでたっても受注者が泣き寝入りですね。

積算方法としては、質問者様のおっしゃるように、品質管理試験は共通仮設費の率分（技術管理費相当）に含まれていますので、直接工事費に締固め費用を計上した場合は共通仮設費の率対象額から控除するか、共通仮設費積み上げ分の技術管理費項目に仮設道路費用を計上する等が考えられます。