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　明確に部分的には流下能力阻害の現象を見いだせます。
　静的(安定状態)にお話しすれば、水中に有る満管水路の平均長さ(細かく申せば場所により距離が変わる)に対して必要流量を確保できる水頭分、水路内(貯留部)水面が上昇します。
　ですから、水中埋没の水路長が長く、水面上の水路勾配が極めて暖勾配の場合には検討が必要ですが、相当極端な場合でなければ、影響を及ばす範囲は無視して問題は起きないと考えて良いと思います。
　また、通常この程度のスケールですと無視される範囲(目視では観察不可能)ですが、放流箇所が埋没し水路内気圧が変動すること、水位が変動することなどにより、軽微ですが背水形状に影響があります。

・・・少しお話しは変わりますが、その他、目視での観察が困難なことなどから、通常は放流口を目視されたくない、放流箇所を沿岸に設置したくない、特定の箇所に放流口を設置したい、などの要因がない限り水位以上に開口させるのが標準ではないかなと・・・

　加えてあまり一般的なお話しではありませんが、水路形状(上流に満水路部分が存在したり、気相への外部通気流通量が十分に確保されない)によっては、気相部がショックアブソーバーのような挙動をして、流入阻害や脈動を起すこともあります。
　実務上、矩形の場合８割水深とか円形の場合半管水深を設計最大水量にすることが多いのは、安全率もありますが、経験上この辺りの阻害を防止する意味もあると聞いています。