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指針上は揺れる層が構造物の周囲にどの程度あるかなので、例の場合では同じになるでしょう。

地盤種別のⅠ～Ⅲ種は、元々の考え方である「耐震設計上の地盤面より下は、固くて揺れない。」に基づいたものでありますので、

あなたの考えに、その種別を適用するのは少し強引かと思います。
別の判別手法が必要となるのではないでしょうか。
なので、どこまで地層を考慮するかという問題点が生じるかと思います。

この回答は、あなたの考えで矛盾と思われる点を指摘しているだけですので、
あなたが望む答えでないことは理解しております。