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①通常２０ｍ程度の橋ですと、地質調査は橋台位置でそれぞれ１本づつの２本実施すると思います。
ただし、どのような地質調査を行ったとしても「本当の」地質状態が分かるわけではありません。
結果をもとに、周辺の地盤状況を予想するわけです。当然のように予想が外れる場合もあります。
数ｍずれるだけで、全く違う結果がでないとも限りません。
調査結果からは液状化層が１～２ｍと言う事ですが、実際は周辺では４～５ｍあるかもしれません。
不確定要素が多いため、技術者としては調査結果に基づいて、安全側（地質状況が悪い方）に判断するのが一般的であると思います。
②杭基礎は鉛直方向の力には強いですが、水平方向の力にはそれほど強くありません。
地面に挿したポールの上を横方向に押と倒れやすいのと同様です。
液状化によって水平方向の力を支えていた固形物が液体状に変化し、ポールの上に横方向の力がかかった状態になるのです。
このような状態では、地震時の実際の挙動がどうなるのか、完全に予想する事はできません。
③土木構造物等の設計には不確定要素が多く入り込んでいるため、調査結果が絶対ではありません。
かといって、様々な不確定要素を最大限に考慮した設計を行うと、とんでもなく不経済な構造物となってしまいます。
ですから、道路橋示方書や各種基準書にかかれている内容は、割り切りの判断基準を示してくれているのではないでしょうか。