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私の記憶の範疇で記載します（もう、大分昔に積算していたのでうろ覚えです）

＜横断管以外とは＞
主要交差道路の横断管です（設計路線から見れば縦断管ですが交差側が改良道路なら基礎構造が必要ですから）。なお、設計路線側の縦断管（例：歩道下の数珠式の管）は用排水設計歩掛に入っています。

＜補正の適用について＞
「各々累計延長が歩掛表の値を超えた部分に適用する。」・・・・・この書き方が悪いような記憶があります。
「道路設計関係その他設計等」という項を見ると、詳細設計項で計上している範囲も、それから外れた範囲もわかると思います。
この時、「歩掛表の値を超えた部分に適用する」とはまさに外れた範囲の説明を言っているのではなかったかと記憶しています。

＜標準歩掛を10%減ずるもの＞
これは、管渠も取付も付替水路も何もない場合は、10％減です。
10％減は「道路付属物・小構造物設計」（＊ここに取付や函渠設計費が入ってます）だけではなく、全区分を減ずるのかが分かりません。というか、そんなケースがなかったのでわからないということです。
ただ、上記＜　　＞をじっくり見て行けば、答えは出るんだと思います。

＊各区分に何が入っているかは、歩道設計項に書いていることが分かりやすいです。