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質問された方は発注者、コンサルタント、業者（代理人）、土木技術者、その他の方でしょうか。

思うのですがとありますが、全く違っています。思うこと事態が不勉強ですね。
監理技術者、代理人を経験されて無い方でしょうか。
早急に契約約款、共通仕様書、特記仕様書、発注者作成の書籍等読み理解してください。

契約約款、共通仕様書 、特記仕様書などで、文章には、ご質問の　命令系統　との語句はありません。

業者作成の施工計画書でも、命令系統との言葉は使用していません。緊急時連絡体制なでも使用していません（作業所、工事事務所）会社の中でも使用していませんね。

何をしようとされているのか判りませんが、書式集の文書での授受は、監督員と現場代理人（契約者・営業所長・代表者）ですね。監督員と監理技術者の文書の授受はありません。（契約書類を全て一読して確認してください）

例えば文書でなく、緊急を要する場合は、命令的に（協議書、指示書など）電話や、現地で口頭の授受はありますが、命令ではありませんね。
指示、又は協議でないでしょうか。

例えば、無理な指示、うち合わせ、協議の中で、これは命令である、いやでもやって頂く、やる義務があるなど言われた事がありませんね。このようなことは契約外の事柄ですね。

発注者からの命令系統にこだわっておられる様ですが、日常では事務所にいる人が電話を受けたり、現場では指示を受けますね。逆もありますね。

但しその内容を、必ず現場代理人に監督員からの内容を報告しますね。逆の場合もそうですね。（業者から、施工管理員、監督員、工事事務所所長へ）

何かトラブル、リスクがあるのでしょうか。