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国総研資料とは「既設橋の耐震補強設計に関する技術資料」でしょうか。
道路橋示方書は新設橋を対象としているため、既設橋は国総研資料の方が適してると思います。
国総研は国交省の機関なので、正当性・信用性は十分あると思います。

①国総研資料に基づいたわけではありませんが、単径間で両端橋台のため落橋の可能性は低い
　（地震時には橋台間隔が狭まる挙動となる）として耐震性に問題はないとしたことはあります。
　
　竪壁と護岸が兼用しているような短橋梁で縁端拡幅すると河川定規に当たりますし・・・。

②道示は「みなし規定」であり、桁かかり長を満たせば耐震性を満足するとみなす、ということです。
　なので資料の文章をつなげて説明し、耐震性能２か３は確保しているとすればいいかと思います。

そのうえで、発注者からの指示があるなら従うしかないと思います。