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1 について：
120秒の読み値から初期値を減じたもの。ただし、プログラムでこの計算をしている場合を除く。
その場合は、どこかに初期値を入力する場所がある、と思います。
キャリブレーションデータを基にした試験結果の解析では、120秒の読み値から初期値(挿入前)を
減じた値(H)を使うので、これと整合していると思います。
挿入前初期値は、メーカーの取り扱い説明書ではゾンデを圧力計と同じ高さに水平に置いて計測
するとあります(かなり古いバージョンですが)。
しかし、キャリブレーション時の初期値は水を満たしたドラム缶にゾンデを正立させて測定する
ので、現場での初期値もこの方法でないと条件が合いません。
なにより、水平に置いたゾンデは下方向にたるみます(僅かですが)。水を満たしたドラム缶では
水圧が作用するので、たるみません(おそらく)。また、孔内では後者の条件となるはずです。

2 について：
書籍はない、と思います。メーカーの取り扱い説明書とか。
ただし、市販ソフトとの整合性は不明です。

初心者ということなので、できればソフトによる解析と並行して手計算で解析してみてはいかがでしょうか？
そうすれば、数字のもつ意味が分かってくると思います。
また、地盤工学会等のライブラリーで「孔内水平載荷試験」に関する論文を探してみるのもいいでしょう。
せっかく係わったのだから、初心者のうちに知識を深めることを覚えましょう。