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現場に搬入した鉄筋は、養生していても数日で錆びてしまうので
工場にあるようなピカピカの新品で組み立てることは至難の業ですよね。

日本コンクリート工学協会　コンクリートＱ＆Ａでは
http://www.jci-net.or.jp/j/whatis/faq/answer_zairyo-01.html
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　Q36. 鉄筋に発生した錆びは、どの程度まで許容されるのでしょうか？
　A36. 鉄筋に生じた小量の錆びは、コンクリートとの付着の面では、むしろ付着強度を増大させる効果があるので、むやみに錆びを落とす必要はありません。
ただし、錆びが進行し浮き錆びの状態になったものは、付着強度の低下だけでなく、鉄筋としての必要な断面積が減少している可能性があるので、対策が必要です。
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と書かれていますし、少量のさびであればそのまま使用するのが現場の常識だと考えます。
ただし「浮き錆び（かさぶた状態）」になったものは処置が必要です。

コンクリート示方書（施工編）にも、最新版が手元に無くて確認できませんが
「鉄筋は、浮きさび、その他コンクリートとの付着を害する恐れのあるものは取り除かなければならない」
と言った記載があったと思います。
ここでも、「浮きさび」と限定して書かれています。

さびがコンクリートとの付着に与える影響としては、論文で
鉄筋の発錆が付着性状に及ぼす影響（コンクリート工学年次論文報告書　13-2　1991）
http://211.10.28.144/data_pdf/13/013-01-2020.pdf
というのを見つけました。
４．まとめ　によると、
「初期付着剛性には、鉄筋の錆による噛み合い効果が大きく・・・
　コンクリートにひび割れが発生しなければ、鉄筋腐食による錆は、ある限度以内であれば最大付着耐力を増加させる」
と書かれています。

発注者側からの現場を知らない過度の要求、それにより施工者側に大きなな負担がかかっている事には、
いつも胸が痛みますし、憤りすら感じます。
がんばってください。