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全く詳しくない素人で申し訳ありませんが
河川構造物の耐震性能照査指針・解説（国土交通省水管理・国土保全局治水課）より切り抜き
5.5 地震時動水圧
地震時動水圧は、水位、構造物の形状及び地震時の応答等を考慮して、適切に設定するものとする。
（解説）
地震時動水圧は、Westergaardの式を基本として、式(解5.5.1)により算出し、慣性力の作用方向と同一の方向に作用させるのがよい。ここで、Westergaardの式は、ダムのような片側にのみ水が存在する壁状構造物に作用する地震時動水圧を与えるものであるが、解析上の簡便さを考慮して、水門及び堰の堰柱の水流直角方向に対する耐震性能の照査のように、両側に水が存在する場合にも用いてよい。また、震度法による従来の耐震設計のように構造物が弾性域に留まることを前提とする場合は、構造物の地震応答は水平震度に相当する揺れになるが、構造物の塑性化を考慮する場合は、一般に、予め構造物の応答を特定することはできない。本指針では構造物が塑性化する場合も考慮しているため、地震時動水圧の算出においては、構造物の応答に相当する水平震度を適切に算定する必要がある。
Pd=7/8γｗ・Khs・√H・ｈ ................................................(解5.5.1)
ここに、
Pd： 地震時動水圧(kN/m2)
γw： 水の単位体積重量(kN/m3)
Khs： 地震時に構造物に生じる応答に相当する水平震度
H： 水深(m)
h： 水面から地震時動水圧が作用する点までの水深(m)
とあります。
ここから読み取るに地震時に水が持つ荷重を考慮するということだと思います。
それは土中・土上関係なく構造物にある程度（程度は素人なのでわかりません）影響する水量があれば荷重が発生するものだと思います。
構造物内の水量も同様の考え方ができるのではないでしょうか。