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要するに地下での作業が複数セクションあるということですね。
具体例でいけば、情報BOX×１ではなく、その下に下水道、さらに下に何かの管路工など並列ではなく地下深度毎に構造物があるようなイメージなんでしょうね。

現在用いている積算は１構造物または複数構造物であっても並列構造に対する歩掛りだと思っています（想像です）
そうなれば、積算とあってこない事になると思いますので、歩掛りを紐解いた実情（私が先に説明した６回の開閉）を判断して、
その回数に見合わぬ場合は要相談となると思います。

そうなれば、深層毎の作業セクションある事、実開閉回数がこれだけある事から、実情と合わない事を説明し、判断してもらうということになるかと思います。
掘削、埋め戻しに関しては総量で変わらないからプラス要素はないと判断されると思いますが、セクション毎の設置に伴う手間やロス（基面整正回数、出来形確認ロッド、日当たり資材搬入回数の増大）が増えると思います。
ただし、上記のように単純に３深層あるから×３にはならないので、実開閉回数から判断すると思います。

発注者側の基本はやったことに対する対価を払うことにあり、無賃で作業させることがあってはなりません。
また、過大な積算もしません。
ただし、積算者の知識不足や考え方によって割に合わない結果になることは多々あります。
個人観ですが、結果がどうなるにせよ、受注者は出来る限りの論拠ある説明をして誠意を示すことと思います。

オリンピックは皆優勝を狙っていながらも、諸事情から2位になる人がいます。
全力を尽くしたうえでの結果なら悔しくとも後に納得出来ると思います。
全力を尽くさなければ、後悔はいつも付きまとうと思います。