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ちょっと貴方の質問の全てを把握出来ないなかでの回答なのですが（私の理解度がないのかも（笑））、ピント外れになるかもしれませんが、
・建築限界の縦ラインは車道においては路肩端部、歩道においては歩道端部から立ち上がります（＝保護路肩は含まないということです）
・この際の各々の防護柵は建築限界外に設置しないといけません。（＝保護路肩に入れることになります）
・歩車道境界における防護柵設置は路上施設帯内（50cm以上）に設置します（＝横断防止柵ですね）
・防護柵は建築限界を犯さぬぎりぎりに設置してもかまいません。
・ここで問題なのは、直線はぎりぎりでも問題ないのですが、カーブ片勾配のあるところ、例えば右に下がる片勾配で右路肩に防護柵があると建築限界を犯します。理由は建築限界縦線は道路面に鉛直であるなか、防護柵は地球に鉛直に設置するからです。
一概には言えませんが、片勾配４％以上のところでは建築限界を犯すことがあり得ます。分離帯縁石の付く中央分離帯などではそんなことが起きえます。

以上より、建築限界ぎりぎりに防護柵は立てず、多少の余裕（２５~４０cmくらいでしょうか）をもって設置することになっているのが各官庁の要領書です。
ってことで質問内容を汲んでいるでしょうか？